Zentrale Wissenschaftliche Einrichtung
- Franz Joseph Dölger-Institut zur Erforschung der Spätantike
- Forschungsinstitut für Diskrete Mathematik
- Zentrum für Entwicklungsforschung (ZEF)
- Center for Economics and Neuroscience
- Institut für Wissenschaft und Ethik
- Deutsches Referenzzentrum für Ethik in den Biowissenschaften (DRZE)
- Zentrum für Religion und Gesellschaft (ZERG)
- Centre for the Classical Tradition (CCT)
- Bonner Mittelalterzentrum
- Zentrum für Alternskulturen (ZAK)
- Interdisziplinäres Zentrum für Komplexe Systeme
- Bethe-Zentrum für Theoretische Physik
- Pharma-Zentrum Bonn (PZB) - Forschungszentrum für innovative Arzneimittel und Pharmakotherapie, Biomedizinisches Zentrum
- Zentrum für Fernerkundung der Landoberfläche (ZFL)
- Bonn International Center for Food Chain and Network Research
- Zentrum für Europäische Integrationsforschung
- Exzellenzinitiative: Hausdorff Center for Mathematics
- Bonn Graduate School of Economics
- Bonn-Cologne Graduate School of Physics and Astronomy
- Life and Brain GmbH - Neurowissenschaftliche Technologie-Plattform
- Zentrum für Evaluation und Methoden (ZEM)
- Zentrum für Historische Grundlagen der Gegenwart (ZHGG)
- Zentrum für Kulturwissenschaft
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