Zentrale Wissenschaftliche Einrichtung
- Forschungsinstitut für Diskrete Mathematik
- Zentrum für Entwicklungsforschung (ZEF)
- Center for Economics and Neuroscience (CENs)
- Institut für Wissenschaft und Ethik
- Deutsches Referenzzentrum für Ethik in den Biowissenschaften (DRZE)
- Centre for the Classical Tradition (CCT)
- Bonner Mittelalterzentrum
- Hausdorff Center for Mathematics
- Interdisziplinäres Zentrum für Komplexe Systeme
- Bethe-Zentrum für Theoretische Physik
- Pharma-Zentrum Bonn (PZB) - Forschungszentrum fürinnovative Arzneimittel und Pharmakotherapie, Biomedizinisches Zentrum
- Zentrum für Fernerkundung der Landoberfläche (ZFL)
- Zentrum für europäische Integrationsforschung (ZEI)
- Bonn Graduate School of Economics
- Graduiertenkolleg 629 Quantitative Ökonomie
- Zentrum für Evaluation und Methoden (ZEM)
- Center for Advanced Studies in Law and Economics
- Bonn-Aachen International Center for Information Technology (B-IT Universities Institute and B-IT Research School)